Las actividades de monitoría de la JCA incluyen muestreos rutinarios de seis (6) redes de monitoría permanentes que proveen datos de calidad de agua físicos, químicos y biológicos de los diferentes cuerpos de agua. Además se consideran los estudios especiales y estudios sinópticos realizados en cuerpos de agua de interés. También se utilizan los informes de datos de los efluentes, sometidos por las fuentes con permisos NPDES, como posibles fuentes de contaminación que pudieran impactar el uso designado del cuerpo de agua, de estar disponibles.
Red de Monitoría Agua Superficial: Operado por el Servicio Geológico de los Estados Unidos (USGS, por sus siglas en inglés) bajo un acuerdo cooperativo con Puerto Rico. Esta red incluye estaciones de calidad de agua en 24 cuencas hidrográficas en las regiones del norte, sur, este y oeste.
Red de Monitoría de Lagos Limpios: Operada por la JCA, en esta red se toman muestras en los 19 principales lagos (embalses) para saber la calidad de agua en un total de 44 estaciones. Estos lagos son usados principalmente como fuente cruda de agua potable y actividades recreativas, incluyendo la pesca.
Red de Fuentes Dispersas: Operada por la JCA, está red se limita a las cuencas de Río Grande de Loíza, Río De La Plata y Río Grande de Arecibo. Se establecieron cinco (5) estaciones en Río Grande de Loíza, seis (6) en Río De La Plata, y nueve (9) en Río Grande de Arecibo.
Red de Monitoría de Agua Subterránea: Esta red consta de 70 pozos de agua potable localizados en diferentes municipios a través de la isla, en los cuales se realizan muestreo varias veces al año para los siguientes parámetros: Patógenos, nitratos, metales, VOC’s, SVOC’s y plaguicidas.
Red de Monitoría Costera: Operada por la JCA, esta red consta de 99 estaciones de monitoría ubicadas alrededor de las costas de Puerto Rico.
Red de Monitoria de Playas y Programa de Notificación Pública: Operado por la JCA, esta red incluye 34 estaciones distribuidas en 23 playas de Puerto Rico. En las estaciones del Programa de Notificación y Monitoría de Playas se realizan muestreo bisemanalmente para bacterias fecales.