La Autoridad de los Puertos posee y administra varias instalaciones portuarias dedicadas al transporte de carga y de pasajeros.

     En el Puerto de San Juan, 　que comprende áreas del Viejo San Juan, Puerta de Tierra, Isla Grande　 y Puerto Nuevo, se encuentran 27 muelles dedicados exclusivamente a las operaciones de carga por contenedores y de carga suelta. Las operaciones de barcos cruceros, que incluye los que inician y finalizan sus travesías caribeñas en el Puerto de San Juan al igual que los que están en transito, tienen lugar en los muelles #1, #3 y #4. Cada uno de estos muelles acomoda dos embarcaciones, varias de ellas con capacidad de más de 3,500 pasajeros. Asimismo, en Isla Grande, el Muelle Panamericano, tiene dos muelles y terminales con capacidad de recibir barcos de más de 4,000 pasajeros cada uno.

     Otros muelles de la Autoridad -dedicados al transporte de carga y de productos derivados del petróleo- ubican en Arecibo, Guánica, Guayama, Guayanilla 　y Yabucoa. También son propiedad de la Autoridad los muelles de Fajardo, Vieques, Culebra, Cataño y la terminal de lanchas de Aquaexpreso en Hato Rey.