La Estructura Organizacional de la Agencia está basada en un enfoque integral de las actividades necesarias antes, durante y después de una emergencia o desastre.

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Las 11 Oficinas Regionales denominadas Zonas, ubican en los siguientes municipios:

La Misión de la Agencia Estatal para el Manejo de Emergencias y Administración de Desastres consiste en coordinar todos los recursos gubernamentales del Estado Libre Asociado de Puerto Rico, así como los del sector privado para proveer de forma rápida y efectiva los servicios antes, durante y después de situaciones de emergencia, para asegurar la protección de vida y propiedad de los ciudadanos.

Proyectarse como el principal organismo gubernamental responsable de manejar las emergencias en nuestra Isla en sus cuatro fases: Preparación, Mitigación,Respuesta y Recuperación; y  de coordinación de los recursos gubernamentales para ofrecer servicios inmediatos y efectivos a la ciudadanía ante eventos naturales, tecnológicos o provocados por el hombre.

• Educar a toda la ciudadanía sobre emergencias naturales, tecnológicas y aquellas provocadas por el hombre.
• Reducir las muertes o daños directamente provocadas por estos eventos, en comparación con las pérdidas ocurridas en los últimos cinco años.
• Asegurar una respuesta rápida y efectiva en emergencias o desastres.
• Asegurar la ejecución de la fase de recuperación en las áreas afectadas por emergencias o desastres.
• Desarrollar y promover vigorosamente un plan efectivo de mitigación que reduzca riesgos naturales y tecnológicos.
• Promover y proteger la salud, seguridad y bienestar de los usuarios del Tren Urbano.
• Establecer y reglamentar el Programa de Reclutamiento y Adiestramiento de los Cuerpos de Voluntarios para apoyar el Plan Estatal para el manejo de emergencias.
• Desarrollar una estructura gerencial moderna, ágil y de vanguardia tecnológica.