El Negociado de Investigaciones Administrativas es el ente central responsable de supervisar todas las investigaciones administrativas que se generen en las Divisiones de Investigaciones Administrativas de las regiones policíacas. El Negociado contará con un Director, el cual será nombrado por el Superintendente Auxiliar de Responsabilidad Profesional previa consulta con el Superintendente de la Policía de Puerto Rico.

El Director será responsable de coordinar todas las Divisiones de Investigaciones Administrativas. Cada Región Policíaca contara con una División de Investigaciones Administrativas que responderá administrativa y operacionalmente.

Las funciones del Director de este Negociado son:

• Dirigir, coordinar y supervisar todas las operaciones e investigaciones que se generen en las Divisiones de Investigaciones Administrativas de las regiones.
• Mantener informado al Superintendente Auxiliar en todo lo relacionado con las investigaciones administrativas que se generen en las Divisiones.
• Mantener un control de las investigaciones administrativas que envíe y reciba de las diferentes Divisiones. 
• Velar que las investigaciones administrativas se realicen en un marco de objetividad y confiabilidad conforme a las leyes y Reglamentos establecidos.
• Velar por el buen funcionamiento de las Divisiones y el comportamiento ético y moral que las componen.
• Preparar informes mensuales de las investigaciones y operaciones que se realizan en las Divisiones. 
• Responder directamente al Superintendente Auxiliar.